Trong suốt thế kỷ 17 và 18, hầu hết các khu vực sinh sống của người Mông Cổ, đặc biệt là Ngoại Mông và Nội Mông đã trở thành một phần của đế quốc nhà Thanh. Ngay cả trước khi triều đại bắt đầu chiếm quyền kiểm soát Trung Quốc vào năm 1644, các cuộc chạy trốn của Ligden Khan đã khiến một số bộ lạc Mông Cổ liên minh với nhà nước người Mãn Châu. Người Mãn Châu chinh phục một bộ lạc Mông Cổ trong tiến trình chiến tranh chống lại nhà Minh. Quan hệ sớm của Nurhaci với các bộ lạc Mông Cổ chủ yếu là liên minh.[4][5] Sau khi Ligden thất bại và chết, con trai của ông đã phải nộp vùng đất của mình cho Mãn Châu, và khi nhà Thanh được thành lập, hầu hết những gì được gọi là Nội Mông đã thuộc về nhà nước mới. Người Khalkha ở Mông Cổ dã trở thành một phần của triều đại nhà Thanh sau thất bại với Chuẩn Cát Nhĩ không có cơ hội duy trì độc lập. Khoshud ở Thanh Hải đã bị chinh phục vào năm 1723 - 1724. Người Chuẩn Cát Nhĩ cuối cùng đã bị tiêu diệt, và lãnh thổ của họ đã bị chinh phục, vào năm 1756 - 1757 người Chuẩn Cát Nhĩ bị diệt chủng. Người Mông Cổ cuối cùng gia nhập Torghut của người Kalmyks ở Ili năm 1771.

Sau khi chinh phục nhà Minh, nhà Thanh đã xác định được nhà nước của họ là Trung Quốc (中國, thuật ngữ "Trung Quốc" trong tiếng Trung Quốc hiện đại), và gọi nó là "Dulimbai Gurun" ở Mãn Châu. Khi nhà Thanh chinh phục Chuẩn Cát Nhĩ vào năm 1759, họ tuyên bố rằng vùng đất mới thuộc về Chuẩn Cát Nhĩ bây giờ đã bị hấp thu vào "Trung Quốc" (Dulimbai Gurun) trong một đài tưởng niệm bằng tiếng Mãn Châu.[6][7][8] Nhà Thanh giải thích về ý thức hệ của họ rằng họ đang tập hợp những người ngoài Trung Quốc không phải người Hán như những người Mông Cổ Nội Mông, Mông Cổ Đông, Mông Cổ Oirat và người Tây Tạng cùng với người Hán "vào trong" một gia đình "thống nhất trong đất nước của nhà Thanh".[9] Phiên bản tiếng Mãn Châu của Công ước Kyakhta (1768), một hiệp ước với Đế quốc Nga về phân giới đã chỉ những người từ nhà Thanh là "những người từ Vương quốc Trung tâm (Dulimbai Gurun)",[10][11][12][13] và việc sử dụng "Trung Quốc" (Dulimbai gurun i niyalma) trong quy ước chắc chắn đã đề cập đến người Mông Cổ.[14] Trong tài liệu của chính quyền Mãn Châu về cuộc họp với nhà lãnh đạo Mông Cổ Torghut Ayuki Khan, người ta đã đề cập rằng Mông Cổ Torghut không giống người Nga nhưng mà vào đó là "những người ở Nhà nước Trung tâm" (中國 之 人; Dulimbai gurun i niyalma) như Mãn Châu [15]. Tuy nhiên, do có nhiều cách khác nhau để hợp thức hóa cho các dân tộc khác nhau trong nhà Thanh, một số người không phải người Hán như Mông Cổ tự cho mình là đối tượng bị nhắm đến của nhà nước Thanh nhưng là bên ngoài Trung Quốc hoặc Khitad.

Từ những năm đầu, mối quan hệ của người Mãn Châu với các bộ lạc Mông Cổ láng giềng đã trở nên quan trọng trong sự phát triển triều đại. Nurhaci đã trao đổi vợ và phi tần với người Khalkha từ năm 1594, và cũng nhận được danh hiệu từ họ vào đầu thế kỷ 17. Ông cũng củng cố mối quan hệ của mình với các phần của quần thể Khorchin và Kharachin của Mông Cổ phía Đông. Họ công nhận Nurhaci là Khan, và ngược lại các dòng họ hàng đầu của những nhóm này được Nurhaci đặt tên và kết hôn với gia đình mở rộng của mình. Nurhaci đã chọn cách nhấn mạnh khác nhau về sự khác biệt hoặc tương đồng trong lối sống với người Mông Cổ vì lý do chính trị.[16] Nurhaci nói với Mông Cổ rằng "Các ngôn ngữ của người Trung Quốc và Hàn Quốc khác nhau, nhưng quần áo và cách sống của họ đều giống nhau, giống như chúng ta Mãn Châu (Jušen) và Mông Cổ. lối sống cũng vậy". Sau đó, Nurhaci chỉ ra rằng mối ràng buộc với người Mông Cổ không dựa vào bất kỳ văn hoá chia sẻ thực sự nào, thay vào đó là lý do thực tế của "chủ nghĩa cơ hội lẫn nhau" khi ông nói với người Mông Cổ: "Các bạn Mông Cổ chăn nuôi gia súc, ăn thịt, người dân ở các cánh đồng và sống bằng ngũ cốc. Chúng tôi không phải là một quốc gia và chúng tôi có những ngôn ngữ khác nhau "[17] Khi Nurhaci chính thức tuyên bố độc lập khỏi triều đại nhà Minh và tuyên bố thành lập nhà Hậu Tấn vào năm 1616, ông đã tự cho mình một cái tên theo kiểu Mông Cổ, củng cố yêu sách của ông đối với truyền thống lãnh đạo Mông Cổ. Các biểu ngữ và các thể chế khác của Mãn Châu là những ví dụ về tính lai giống sản xuất, kết hợp các yếu tố Mông Cổ "thuần túy" (như kịch bản) và các yếu tố Hán. Giao phối với các gia đình quý tộc người Mông Cổ đã củng cố mối liên hệ giữa hai dân tộc. Hoàng Thái Cực tiếp tục mở rộng chính sách liên kết hôn nhân; ông đã sử dụng mối quan hệ hôn nhân để thu hút hơn nữa hai mươi lăm bộ tộc Nội Mông tham gia liên minh Mãn Châu. Mặc dù mối quan hệ thân thiết giữa Mãn Châu và Mông Cổ ngày càng gia tăng, Ligdan Khan, Khan cuối cùng từ Chakhar, đã kiên quyết phản đối việc gia tăng quyền lực của Mãn Châu và coi ông là đại diện hợp pháp của truyền thống đế quốc Mông Cổ. Nhưng sau nhiều lần bị thua trận trong trận chiến với Manchus trong những năm 1620 và đầu những năm 1630. Chỉ sau cái chết của ông vào năm 1634, con trai ông Ejei Khan cuối cùng đã nộp đất cho Hoàng Thái Cực vào năm 1635 và con dấu Nguyên cũng được cho là được giao lại cho sau, kết thúc nhà Bắc Nguyên. Ejei Khan được trao danh hiệu vương (Tần Vương, 親王). Những người Nội Mông đầu hàng đã được chia thành các đơn vị hành chính riêng biệt. Ngay sau đó, Mãn Châu đã thành lập nhà Thanh và trở thành nhà cai trị của Trung Quốc.

Ejei Khan qua đời vào năm 1661 và được kế thừa bởi anh trai Abunai. Sau khi Abunai cho thấy sự bất mãn với luật lệ của nhà Thanh, ông bị bắt vào năm 1669 tại Thẩm Dương và Hoàng đế Khang Hy đã trao danh hiệu cho con trai Borni của ông. Abunai sau đó dành thời gian của mình để chuẩn bị và sau đó ông và anh trai Lubuzung của ông nổi dậy chống lại nhà Thanh vào năm 1675 trong Cuộc nổi dậy Ba Chư hầu, với 3.000 Mông Cổ Chahar người tham gia vào cuộc nổi dậy. Nhà Thanh sau đó đã đánh tan quân nổi dậy trong một trận chiến vào ngày 20 tháng 4 năm 1675, giết Abunai và tất cả những người theo ông. Tước hiệu của họ đã bị bãi bỏ, tất cả các người đàn ông hoàng gia Chahar đã bị xử tử ngay cả khi họ được sinh ra công chúa nhà Thanh, và tất cả các nữ hoàng Chahar đã được bán thành nô lệ ngoại trừ các công chúa nhà Thanh. Người Chahar sau đó đã được đặt dưới sự kiểm soát trực tiếp của Hoàng đế nhà Thanh không giống như các liên minh Nội Mông khác là duy trì sự tự chủ của họ.

Người Khalkha rơi vào tình huống bất đắc dĩ hơn dưới chế độ Thanh, và họ chỉ nộp cho Hoàng đế Khang Hy sau khi họ bị một cuộc xâm lược từ Chuẩn Cát Nhĩ dưới sự lãnh đạo của Galdan.

Ba hãn của Khalkha ở Ngoại Mông đã thiết lập mối quan hệ chặt chẽ với triều đại nhà Thanh từ thời trị vì của Hoàng Thái Cực, nhưng vẫn giữ được tự quản. Trong khi các nhà lãnh đạo Thanh đã cố gắng kiểm soát khu vực này, các Oyirod ở phía tây Khalkha dưới sự lãnh đạo của Galdan cũng đang tích cực thực hiện những nỗ lực đó. Sau khi kết thúc cuộc chiến chống lại ba chư hầu, Hoàng đế Khang Hy đã có thể chuyển sự quan tâm của ông đến vấn đề này và đã cố gắng đàm phán ngoại giao. Tuy nhiên, Galdan đã tấn công các vùng Khalkha, và Khang Hy đã đáp trả bằng cách trực tiếp dẫn 8 toán hạng đạo quân với những khẩu súng hạng nặng vào trong khu vực để chống lại lực lượng của Galdan, cuối cùng đánh bại được nhóm này. Trong thời gian trị vì Khang Hy đã tổ chức một cuộc đại hội các nhà cai trị Khalkha và Nội Mông Cổ ở Đa Luân năm 1691, nơi các hãn Khalkha chính thức tuyên bố trung thành với ông. Cuộc chiến chống lại Galdan đã đưa Khalkhas trở thành một phần của nhà Thanh, và ba hãn của Khalkha đã được chính thức trở thành người của tầng lớp quý tộc nhà Thanh vào năm 1694. Do đó vào cuối thế kỷ 17 triều đại nhà Thanh đã đưa cả Nội Mông và Ngoại Mông dưới sự kiểm soát của nó.

Oirat Khoshut ở Thượng Mông ở Thanh Hải nổi dậy chống lại nhà Thanh trong thời trị vì của hoàng đế Ung Chính nhưng bị đánh bại.

Phiến quân Khalkha Monol dưới quyền của Hoàng tử Chingunjav đã lên kế hoạch với lãnh tụ Chuẩn Cát Nhĩ Amursana và dẫn đầu cuộc nổi dậy chống lại nhà Thanh. Nhà Thanh nghiền nát cuộc nổi dậy và hành quyết Chingunjav và cả gia đình ông.

Người Mông Cổ đã bị Nhà Thanh cấm không được vượt qua biên giới của họ, thậm chí vào các Vùng đất biểu tượng Mông Cổ khác và đi vào neidi (18 tỉnh của người Hán) và sẽ bị trừng phạt nếu họ làm điều đó để chia rẽ người Mông Cổ để loại bỏ mối đe dọa đối với nhà Thanh.[18]

Mặc dù chính thức cấm người Hán định cư trên đất Mãn Châu và Mông Cổ, vào cuối thế kỷ 18 nhà Thanh đã quyết định giải quyết những người tị nạn Hán từ miền bắc Trung Quốc đang bị nạn đói, lũ lụt và hạn hán đến Mãn Châu và Nội Mông Cổ và cho người Hán 500.000 ha đất người Mãn Châu và hàng chục ngàn héc-ta ở Nội Mông Cổ vào những năm 1780.[19]

Tổ chức Các vùng đất biểu tượng đã được thực hiện trong số những người Nội Mông và danh hiệu Jasagh được trao cho người lãnh đạo của các vùng đất biểu tượng để làm suy yếu quyền tự trị.[20] Các vùng đất biểu tượng thay thế bộ tộc và cấu trúc gia tộc bị chia thành người Mông Cổ và Hoàng tử Mông Cổ sử dụng kiến ​​trúc Trung Quốc để xây dựng cung điện của họ.[21] Các nhà quý tộc Mông Cổ và nhà Thanh đã bán đồng cỏ cho của người Hán ở nông trại của người dân Trung Quốc Horqin.[22] Các hoàng tử bị kiểm soát bởi nhà Thanh, các thương nhân Hán cho vay đã gây ra nợ nần và các tu viện đã làm đầy những đàn ông Mông Cổ xuất hiện bên cạnh số dân Mông Cổ bị thu hẹp. Người Hán thuê tờ Vùng đất biểu tượng Mông Cổ sau khi đất đai được đưa ra như là các trả nợ nợ của Hoàng tử Mông Cổ cho các thương nhân Hán, chính quyền nhà Thanh đã được thỉnh cầu bởi Hoàng tử người Mông Cổ Jasak hợp pháp hóa những người định cư Hán trong vùng đất của ông vào năm 1791.[23]